Pascasarjana dirintis sejak tahun 2014 dengan satu Program Studi yaitu Program Studi Magister Hukum dengan background Hukum Bisnis. Pendirian Program Pascasarjana juga telah disahkan dengan penerbitan Surat Keputusan Rektor Nomor 07/SK/R/ORG-10/UNIJA/II/2014 pada tanggal 04 Februari 2014.
Program Studi Magister Hukum merupakan bagian dari Program Pascasarjana Universitas Wiraraja sebagai lembaga Universitas yang berwenang menyelenggarakan pendidikan akademik jenjang Strata dua (S2). Pascasarjana Universitas Wiraraja didasari oleh nilai- nilai luhur yang telah disepakati bersama sejak berdirinya Program Pascasarjana Universitas Wiraraja berdasarkan surat keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor : 178/E/O/2014, TANGGAL 17 Juni 2014 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Ilmu Hukum, Program Magister Ilmu Hukum pada Universitas Wiraraja Sumenep yang diselenggarakan oleh Yayasan Arya Wiraraja di Kabupaten Sumenep
Pada tahun 2019 kemudian dilakukan evaluasi peningkatan mutu yaitu proses akreditasi dan berhasil menyandang predikat akreditasi “B” berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT dengan nomor SK : 151/SK/BAN- PT/Akred/M/II/2019 pada tanggal 19 Februari 2019 ditandatangani Direktur Dewan Eksekutif Prof. T. Bassarudin.
Pebaikan mutu pada Program Pascasarjana menjadi semakin penting dengan meningkatnya persaingan dalam era globalisasi dan liberalisasi ini. Kepercayaan besar yang diberikan oleh masyarakat melalui jumlah mahasiswa yang mengalami peningkatan dari tahun ke tahun yang harus di imbangi oleh peningkatan tanggung jawab yang dituangkan dalam laporan kinerja tahunan. Lembaga pendidikan tinggi Universitas Wiraraja pada Program Pascasarjana menyelenggarakan pendidikan yang bermutu kepada para mahasiswanya. Hal ini sejalan dengan paradigma baru penataan sistem pendidikan tinggi, yang mulai diterapkan dengan mengacu pada Renca Strategis Universitas Wirarja. Perguruan tinggi harus menyelenggarakan pendidikan yang mengacu kepada mutu yang berkelanjutan. Untuk itu diperlukan pola manajemen yang berazazkan otonomi, namun diiringi kapasitas institusional yang efisien serta mutu manajemen dengan akuntabilitas yang memadai namun tetap sejalan dengan sistem tata kelola yang sehat.
Hal ini hanya akan bisa dicapai bila suatu perguruan tinggi melakukan evaluasi diri secara teratur sebelum dievaluasi oleh pihak ketiga (akreditasi) dan dilakukan monitoring secara kontinuitas oleh pihak internal maupun eksternal. Evaluasi secara teratur dalam bentuk “audit internal dan audit eksternal” yang dilanjutkan dengan ”review sistem manajemen” menjamin Program Pascasarjana Universitas Wirarja dapat secara berkelanjutan melakukan perbaikan mutu, dalam mengantisipasi persaingan yang semakin ketat bagi lulusannya dalam meniti karir di dunia kerja.
Kemudian pada tahun 2024 Program Studi Magister Hukum melaksanakan perbaikan mutu dengan mengusulkan Isntrumen Suplemen Konversi (ISK) Program Studi pada tahun 2024 dan di Tahun 2025 telah sah dinyatakan sebagai Program Studi dengan peringkat akreditasi baik sekali untuk Program Studi Magister Hukum. Hal ini dibuktikan dengan Surat Keputusan Direktur Dewan Eksekutif BAN-PT No. 6664/SK/BAN-PT/Ak.KP/M/V/2025, menyatakan bahwa Program Studi Hukum, Pada Program Magister Universitas Wiraraja, Kabupaten Sumenep memenuhi syarat peringkat “Akreditasi Baik Sekali” sejak tanggal 20 – Mei – 2025 sampai dengan 20 – Februari – 2029.